Сначала у Церкви были определенные трудности с контролем за всеми бегинками, которые сознательно были разрознены, децентрализованы и вообще никак не объединены. Но неспособные противостоять натиску Церкви бегинажи один за другим капитулировали, отгораживались стенами, заключали официальные договоры и покорялись церковным властям.
К XIV в. церковный контроль усилился и радикально изменил природу бегинажей. Все было жестко расписано – начиная от требований к вступлению до обрядов и ежедневного распорядка. Это полностью противоречило самой природе движения бегинок, в основе которого лежали принцип добровольности, отсутствие бюрократии, семейные связи и жизнь среди бедняков. Сиделки, наставницы и помощницы убогих и обездоленных были изгнаны с улиц, от тех, с кем они работали и кому помогали