Организации на УСН должны вести налоговый учет, а именно Книгу учета доходов и расходов (установленной формы). Ежегодно (после расчета налога по итогам года) нужно ее прошивать и относить в налоговую. Там в ней поставят отметку и вернут.
Что касается бухгалтерского учета. С 2013 года организации на УСН должны будут вести бухгалтерский учет в полном объеме.