Кроме того, да Винчи первым из художников применил в картине принципы геометрического расположения фигур и предметов. Главный герой картины – Иисус – находится точно в центре фрески, где сходятся в одну точку все линии перспективы. Четыре группы по три апостола и знаковые части прописаны в соответствии с принципом золотого сечения, когда отрезок рассечен на две неравные части так, что большая часть отрезка составляет ту же долю в целом, какую меньшая часть отрезка составляет в большем. И в этом Леонардо тоже выступал новатором.