Некоторые галлюцинации имеют физиологическое происхождение и возникают в результате разрушения перцептивных зон мозга. Причин тому может быть множество — от реального повреждения мозга в результате травмы или болезни до изменения идущих в теле химических процессов из-за строгого поста, лихорадки, дисбаланса в содержании кислорода или углекислого газа, приема фармакологических препаратов.
Однако большинство галлюцинаций, так же как и образы, рожденные намеренным фантазированием, являются результатом нисходящих перцептивных, или концептуальных, процессов в мозгу. Реальные перцепты возникают под воздействием внешних факторов, а галлюцинации — внутренних (несмотря на то, что в том и другом случае могут быть задействованы одни и те же сенсорные зоны коры головного мозга). Нарушение баланса между восходящими и нисходящими процессами может подготовить сцену для ложных перцептов (галлюцинаций), а то и породить их. Речь идет о тех же нисходящих процессах, которые мы же рассматривали при обсуждении восприятия и памяти: (a) избирательность внимания; (б) сверка с реальностью (или метапознание); (в) эмоции и мотивации; (г) ожидания и ранее полученное знание.