КТ[30] и МРТ[31] подтвердили то, что структура мозга при биполярном расстройстве несколько отличается от нормы. На основании КТ в 1980-х гг. сделали предположение о связи биполярного расстройства с увеличением боковых желудочков головного мозга (та же особенность наблюдается у больных шизофренией). Увеличение желудочков говорит об уменьшении количества клеток мозга, как при болезни Альцгеймера или при нарушении процесса развития нейронов. Но число нейронов может сокращаться из-за увлечения спиртными напитками. Учитывая то, что проблемы с алкоголем довольно часто встречаются у пациентов с биполярным расстройством, обнаруженные анатомические особенности нельзя интерпретировать однозначно.
В 1990-х гг. обратили внимание на другую особенность: биполярная и униполярная депрессия связаны с уменьшением объема префронтальной коры, но при биполярной депрессии к тому же увеличен объем базальных ганглий и таламуса.