Работы начались в ноябре 1941 г., при этом Ju-86P-1 переоборудовались в Ju-86R-2, a Ju-86P-2 – в Ju-86R-1. Несколько самолетов были переданы в так называемую опытную станцию высотных полетов (VfH), которая размещалась на аэродроме Ораниенбург, и в ходе испытаний Ju-86R-1 достиг высоты 14 400 м.