При построении бюджетирования необходимо предусмотреть и построить систему контроля за выполнением бюджетов. Заключается он не только в своевременном представлении бюджетных данных и создании бюджетов, но и в анализе отклонений фактических значений бюджетных статей от запланированных. На базе анализа отклонений принимаются соответствующие управленческие решения. Уровень принятия этих решений зависит от величины отклонения (например, 5 %, 10 % и т. д.), и это должно быть отражено в регламентах. Также на базе отклонений можно строить систему мотивации менеджеров, однако подходить к этому следует достаточно осторожно и гибко из-за сложности получения точных прогнозов в отдельных сферах бизнеса. Такая система создается, если бюджетирование уже налажено и стабильно работает.