Адмиралтейство трижды приказывало Гексли вернуться на действительную службу, и после третьего отказа он был вычеркнут из списков. Он попытался найти в Лондоне другую работу и в конце концов устроился на полставки в Школу горного дела. Он писал в газеты обзоры и рецензии — и всего заработанного едва хватало на содержание семьи. Гексли всегда возмущал тот факт, что первые роли в науке играют исключительно богачи — просто потому, что могут себе это позволить. Тем не менее он сумел заслужить отличную репутацию и не боялся нападать на патриарха английских биологов Ричарда Оуэна