В начале 1969 года у Вито Дженовезе развилась сердечная недостаточность. Его перевели из нью-йоркской федеральной тюрьмы в медицинский центр тюрьмы в Спрингфилде.
14 февраля 1969 года он умер от повторного инфаркта. Ему было семьдесят два года. Его жена Анна о нем никогда не вспоминала: не давала интервью репортерам нью-йоркских газет, не общалась с авторами исторических изданий.