Сотрудникам «Ленметропроекта» пришлось кардинально пересмотреть довоенный проект с учетом новых требований по конфигурации трассы, экономике и технологическим решениям. Саму трассу разбили на две части, участок первой очереди длиной 11,2 км от «Площади Восстания» до «Автова» с восемью станциями связывал Варшавский, Балтийский, Витебский и Московский вокзалы. На первом участке планировалось восемь станций. Участок от «Площади Восстания» до «Площади Ленина» вынесли во вторую очередь, от станции «Бабурин переулок» вовсе отказались в связи с переносом электродепо в район Автова, станцию «Сад 9 января» также вычеркнули из проекта, а под «Владимирскую» решили оставить только задел.