Так как дифтерийная вакцина всегда совмещена со столбнячной/коклюшной, данные о ее безопасности аналогичны приведенным в соответствующих частях. Прививка (без коклюшного компонента) приводит к синдрому Гийена-Барре, анафилактическому шоку и плечевому невриту, понижает уровень лимфоцитов и повышает риск аллергий.