Химический состав, а также механизм действия, количество и качество действующих веществ зависят от вида растения, мест его произрастания, времени сбора, способа сушки и условий хранения.
У льна культурного наиболее используемой частью, с медицинской точки зрения, являются семена и получаемое из них жирное масло.
Семена льна содержат жирное масло (30–52 %), в состав которого также ходят слизь (5–12 %), белок (18–33 %), углеводы (12–26 %), органические кислоты, ферменты, витамин А. В оболочках семян содержатся высокомолекулярные соединения, дающие при гидролизе линокафеин, линоцинамарин, дигликозид и метиловый эфир β-окси-β-метилглутаровой кислоты. Все части растения, особенно проростки, содержат гликозид линамарин, расщепляемый линазой на синильную кислоту, глюкозу и ацетон. Лен содержит также макроэлементы и микроэлементы. Рассмотрим основные химические группы биологически активных веществ, входящих в состав этой полезной культуры.