В медицинской литературе можно встретить примеры, когда молочно-кислые или бифидобактерии, используемые в качестве пищевых культур или пробиотиков, могут вызывать у человека с ослабленным иммунитетом или после терапии антибиотиками инфекционные осложнения.
Регистрируется все больше случаев, когда эти бактерии могут отвечать за аллергическую сенсибилизацию, воспаление и аутоиммунные расстройства.
Оказалось, что многие пробиотики могут подавлять рост и развитие собственной микрофлоры, конкурируя с ней. Своими ферментами они также могут вмешиваться в нормальное функционирование кишечника и превращать в небезопасные продукты различные лекарства.