Только весной 1441 г. Исидор приехал в Москву, где великий князь Василий II, московское правительство и духовенство уже выработали свою позицию по отношению к случившемуся во Флоренции. Дело в том, что ближний боярин Великого князя Московского по имени Фома (также побывавший в Ферраре и Флоренции) и иеромонах Симеон (входивший в суздальскую делегацию) открыто рассорились с митрополитом Исидором еще в Венеции и ранее других поспешили в Москву уведомить великого князя об обстоятельствах заключения унии. Вслед за ними, 19 сентября 1440 г. в Москву возвратились и другие русские спутники митрополита во главе с епископом Авраамием. По мнению историков, «Москва, к приезду Исидора, уже могла исполниться решимостью встать на защиту православия и отвергнуть изменника митрополита. Конечно, в необыкновенное затруднение ставило великого князя и русских епископов то обстоятельство, что, восставая против Исидора, им приходилось отвергать и авторитет уполномочившей его Константинопольской патриаршей власти, признавать тем самым и ее еретической».