Основным недостатком метода отбора проектов только по IRR является то, что он не учитывает абсолютного значения NPV-проектов. Например, у вас есть два взаимоисключающих проекта. Один с NPV=10, но IRR=200%, второй с NPV=100, но IRR=50%. Если инвестор требует возврат на вложенный капитал в размере 20% (и нет ограничения по инвестициям), то компания должна принять проект с NPV=100, так как он обеспечивает необходимый возврат на капитал и наибольшую дополнительную «премию» инвестору в абсолютном размере. При анализе же только по IRR решение будет принято неправильное.
На практике IRR обычно только один из «барьеров» по принятию проектов. Например, принимаются только проекты с NPV>0 и IRR не менее 30%.