4 июля Абакумов был снят с должности, 12 июля арестован. Был заключен в тюрьму «Матросская Тишина» МВД СССР, затем переведен в Лефортово и осенью 1952 г. в Бутырскую тюрьму. На допросах категорически отрицал обвинения. Но факты о бытовом разложении подтвердились.