В мае 1946 г. Абакумов был назначен министром госбезопасности СССР. Назначение было произведено в пику Берии, которого Сталин начал подозревать в нелояльности. Став министром, Абакумов дал понять Берии, что будет выполнять только указания Сталина, начал заменять ставленников Берии в МГБ