Утвержденная 15 августа 1941 года структура центрального аппарата Управления Особых отделов НКВД СССР выглядела так:
Начальник и три заместителя;
Секретариат;
Оперативное отделение (гласный состав);
1-й отдел – центральные органы Красной Армии (Генштаб, военная прокуратура, разведупр);
2-й отдел – ВВС;
3-й отдел – бронетанковые войска, артиллерия;