Лечение СРК во многом сходно с лечением функциональной диспепсии. Здесь не применяют ингибиторы протонной помпы, но используют спазмолитики (мебеверин, дюспаталин, дицетел, бускопан, спазмомен) и противотревожные средства, а также назначают антидепрессанты (дулоксетин, флуоксетин, пароксетин, паксил, прозак, симбалта, ципрамил, ципралекс и т. д.). И, как в случае с функциональной диспепсией, препараты эти назначают не для лечения депрессии (она может у пациента или быть, или отсутствовать, и ее коррекцией должен заниматься психиатр), а для лечения собственно СРК.