Под микроскопом находят «облысевшую» слизистую, у которой атрофировались кишечные ворсинки, необходимые для нормального пищеварения. Атрофия эта происходит в результате хронической инфильтрации лейкоцитами, которые агрессивно реагируют на поступления глютена и других белков клейковины.