Тем не менее, для ePub существуют некоторые ограничения. К примеру, некоторые распространители контента и электронное издательства позволяют читать книги созданные в формате ePub только после конвертации в их собственный формат. Например, это Amazon Kindle. Библиотека книг Apple iBooks применяет специальную шифровку Digital rights Management, которая кодирует файлы созданные в формате ePub таким образом, чтобы они использовались только на их собственном софте и прямой загрузки файлов ePub там нет. Apple iBooks разрешает пользователям загружать сторонние некодированные файлы ePub с некоторых одобренных ими источников.