В здоровом кишечнике слизистая оболочка отвечает за то, что должно быть усвоено организмом, и за то, что должно остаться в кишечнике. Поврежденная слизистая оболочка кишечника становится проницаемой для глиадина, что обусловливает повышенное содержание антител к глиадину в анализе крови у пациентов с целиакией. Как это влияет на дальнейшее течение болезни, неизвестно.
Установлено, что иммунная система примерно 90 % больных вырабатывает антитела к соединительно-тканным элементам кишечника, так называемой транглютаминазе и эндомизию. Кишечнику наносится ущерб не только из-за иммунной реакции на глютен, но и в результате атаки на него иммунной системы (аутоиммунной реакции).